La Secretaría General se organiza como una Subdirección General de gestión y apoyo técnico, responsable de las actividades de carácter horizontal vinculadas con la administración, gestión económica y de recursos humanos del CIEMAT.
En este sentido, a la Secretaría General le corresponden las competencias de la administración general propiamente dicha, la gestión económica y el control de proyectos y ordenación financiera. Asimismo, es responsable de la organización del personal del Centro en lo que respecta a la gestión de los recursos humanos, las retribuciones y la organización de efectivos.
Desarrolla la programación y modernización del Organismo y de ella dependen la prevención de riesgos laborales, la salud laboral, la supervisión de proyectos e infraestructuras, el proyecto y realización de obras y de mantenimiento, y la gestión de los asuntos generales del CIEMAT.