En sus 71.000 m2 se ubica la mayoría de los recursos humanos y materiales del Organismo, distribuidos entre la Dirección General, las áreas de gestión y servicios comunes, así como las infraestructuras de apoyo a las actividades del Centro. Asimismo, la sede de Moncloa en Madrid, alberga buena parte de los diferentes laboratorios e instalaciones experimentales empleados en los proyectos de I+D, entre otros, el Laboratorio Nacional de Fusión por Confinamiento Magnético.