Todos los residuos radiactivos que se hallan en el CIEMAT (de RMBA y de RBBA), se gestionan con la participación preceptiva de la empresa pública responsable, ENRESA.
Para la gestión de los residuos radiactivos existen procedimientos específicos que regulan cada una de las etapas de dicha gestión de acuerdo a la legislación vigente [Decreto 35/2008, de 18 de enero, por el que se modifica el Reglamento sobre Instalaciones Nucleares y Radiactivas, aprobado por RD 1836/1999, de 3 de diciembre, RD 783/2001, de 6 de julio (Reglamento sobre protección sanitaria contra radiaciones ionizantes), Orden ECO/1449/2003].
ENRESA indica cómo se ha de realizar la gestión de los residuos radiactivos, es decir, establece los plazos de salida de residuos radiactivos del CIEMAT, el tipo de acondicionamiento, la documentación necesaria, los calendarios de transporte, etc.